西南医科大学附属医院医学检验部为ISO15189医学实验室认可单位，有价值近9千万的临床检测设备，如全自动细菌鉴定/药敏仪、质谱仪、自动血培养仪、流式分析仪、数字PCR仪、实时荧光定量PCR仪、全自动核酸分离纯化仪、焦磷酸测序仪等。同时可供基础实验所需的所有实验技术和设备，如完善的细胞培养室、-80℃超低温冰箱、生物安全柜、低温超速离心机、荧光显微镜、倒置相差显微镜、脉冲场凝胶电泳仪、双向电泳仪、凝胶成像分析系统、蛋白质电泳与转膜装置、酶标仪、蛋白/核酸分析仪等。